La Junta Directiva Internacional del CIIFEN está constituida por el Gobierno del Ecuador, La Agencia Estatal de Meteorología de España (AEMET), la Oficina de las Naciones Unidas para la Reducción del Riesgo de Desastres (UNDDR) y la Organización Meteorológica Mundial (OMM) como observador. Es presidida en forma alternativa cada dos años por los distintos miembros.

La Junta Directiva Internacional del CIIFEN ha tenido diversas reuniones oficiales que han sido convocadas en común acuerdo con todos los miembros. En estos encuentros se revisa la evolución del Centro en los aspectos científicos, operacionales y financieros y se emiten recomendaciones para su mejoramiento continuo.